O CSA começou a preparação para o primeiro duelo contra o Uberlândia, pela ida das quartas de final do Campeonato Brasileiro da Série D. Ainda que a data da partida ainda não tenha sido oficialmente divulgada, embora deva ocorre no fim da próxima semana, a Confederação Brasileira de Futebol (CBF) divulgou o árbitro principal da partida.

Para os primeiros 90 minutos da decisão contra os mineiros, Flávio Rodrigues de Souza foi escalado. Aos 46 anos, o árbitro apitou alguns clássicos neste ano, como Corinthians x Palmeiras e Cruzeiro x Atlético-MG.

Uma situação polêmica ocorreu há um ano, quando ele expulsou o goleiro Léo Jardim, do Vasco, na partida contra o Internacional, válida pelo Brasileirão. O arqueiro levou cartão amarelo aos 24 minutos do segundo tempo por retardar o reinício de jogo. Aos 38, o goleiro alegou dores e caiu novamente. O árbitro fez uma advertência verbal ao vascaíno, que continuou sentado no chão. Na sequência, Flávio apresentou o segundo cartão amarelo e expulsou o atleta. Posteriormente à expulsão, o Internacional conseguiu marcar um gol e empatar o jogo.

O Vasco, na época, emitiu uma nota protestando à decisão. É fato que os goleiros constantemente fazem cera durantes as partidas, mas a expulsão de um jogador que está alegando sentir dor, pareceu exagero, visto que após essa polêmica, os goleiros continuaram fazendo cera na maioria dos jogos, e não receberam a mesma punição de Léo Jardim.

Em 2024, o árbitro esteve envolvido em outro lance que gerou confusão. Flávio Rodrigues de Souza ficou quatro rodadas do Campeonato Brasileiro daquele ano sem apitar, passando por uma "reciclagem". O afastamento aconteceu após um erro grave na partida entre Vitória e Fluminense, em jogo válido pela 31ª rodada do Campeonato Brasileiro. Naquela ocasião, Flávio marcou dois pênaltis polêmicos para o Vitória. No primeiro, foi corrigido pelo VAR, mas na segunda ocasião, aos 44 da segunda etapa, marcou pênalti polêmico e foi muito questionado pelo Fluminense.